Les guerres de Religion dévastent l'Anjou de 1560 à 1598.

Angers comme Le Mans, Tours et Saumur sont prises par les Protestants en 1562. La répression est sévère et les catholiques extrémistes prennent les armes.

En 1589, le comte de Rochepot, gouverneur d'Anjou, au nom du roi Henri III, s'empare de Segré qui était jusque-là aux mains des ligueurs. Après avoir pillé la cité, il fait démanteler le château et les murs d'enceinte ainsi que tous les manoirs fortifiés de la contrée.

En 1635, la terre de Segré est érigée en baronnie au profit d'un protégé de Richelieu, Guillaume II de Bautru, seigneur de Louvaines.

l'ensemble de l'Anjou entre alors jusqu'au milieu du 18 ème siècle dans une sorte de récession démographique et économique, bercé par les famines, les guerres de religion, la perte d'autonomie municipale (Duché devenu Domaine Royale), la pression fiscale monarchique, la désorganisation du commerce et de l'artisanat. Mais la malheureuse contrée devait être, pendant la Révolution, le théâtre presque continuel de la guerre civile.

A Segré en 1795, 2000 chouans envahissent la cité défendue par 200 soldats républicains. Après 4 heures de combat, les Bleus capitulent. La ville est saccagée et 33 prisonniers républicains sont égorgés.

 

Juste après la révolution de 1789, des récoltes très mauvaises seront à l'origine de quelques têtes coupés . De plus, la rébellion des chouans et la guerre de Vendée plonge encore une fois l'Anjou dans des troubles violents. La Révolution entraîne de profonds changements, comme l'abolition de la gabelle (taxe sur le sel), et la nationalisation des biens d'Eglise.